La redevance versée chaque mois par vos praticiens libéraux est une prestation soumise à la TVA. Cette ligne comptable, souvent perçue comme un simple flux interne, fait basculer l’établissement dans le champ complet de la réforme. L’exonération prévue à l’article 261-4-1° bis du code général des impôts couvre l’hospitalisation et les soins. Elle ne couvre ni les redevances, ni les locations, ni les prestations de confort facturées autour du séjour.
Un établissement de santé privé vit donc sous deux régimes de TVA simultanés. Cette dualité, banale en comptabilité hospitalière, devient structurante au 1er septembre 2026. Elle décide de ce qui part en facture électronique, de ce qui remonte en e-reporting et de ce qui reste hors dispositif. Le raisonnement vaut pour l’ensemble des médecins et professions de santé. Il se complique nettement dès qu’une structure emploie, héberge et refacture.
La Fédération de l’hospitalisation privée recense 1 030 cliniques et hôpitaux privés, 150 000 salariés et 40 000 médecins. La majorité de ces établissements appartient à des groupes dont l’entité juridique dépasse largement les seuils PME. Pour eux, l’obligation d’émettre ne tombe pas en 2027 mais au 1er septembre 2026, en même temps que l’obligation de recevoir.
L’exonération de TVA des soins n’exonère de rien en matière de facturation électronique. Tout établissement assujetti doit être capable de recevoir une facture électronique au 1er septembre 2026, y compris s’il ne réalise que des opérations exonérées.
Le diagnostic vous sort trois plateformes classées selon votre volume de factures et votre système d’information.
Pourquoi l’échéance de septembre 2026 vise déjà la plupart des cliniques
Le calendrier de la réforme distingue deux obligations distinctes. La réception concerne tout le monde au 1er septembre 2026. L’émission, en revanche, se déclenche selon la taille de l’entreprise. Or cette taille s’apprécie sur l’entité juridique, une notion qui recoupe mal la réalité d’un groupe hospitalier.
La taille se lit sur l’entité juridique, pas sur le nombre de lits
Une entreprise de taille intermédiaire compte moins de 5 000 salariés, avec un chiffre d’affaires inférieur à 1,5 milliard d’euros ou un bilan sous 2 milliards. Au-delà, elle bascule en grande entreprise. Dans les deux cas, l’émission devient obligatoire au 1er septembre 2026. En dessous, une PME de moins de 250 salariés et 50 millions d’euros de chiffre d’affaires bénéficie d’un an de plus.
La lecture se fait par SIREN, pas par site. Une clinique indépendante de 180 salariés reste donc une PME, même adossée à un groupement de coopération sanitaire. À l’inverse, une clinique de 90 lits détenue par une société qui exploite quinze établissements hérite de la taille de cette société. Par conséquent, deux cliniques voisines de taille comparable peuvent relever d’échéances différentes.
Cette appréciation se fait sur les derniers comptes clos disponibles à la date d’entrée en vigueur. Un établissement qui a changé de main récemment doit donc vérifier quelle entité porte aujourd’hui son SIREN. C’est le premier arbitrage à documenter, avant même de comparer les plateformes.
Deux régimes de TVA dans le même établissement
La doctrine administrative sur les établissements de soins privés trace une frontière précise. L’hébergement, la nourriture, les soins infirmiers, les médicaments et pansements délivrés pendant le séjour, les frais de salle d’opération : tout cela reste exonéré. En revanche, la doctrine range explicitement du côté taxable les sommes versées par les praticiens, quelle que soit leur qualification.
Autrement dit, un loyer, une redevance d’usage de bloc ou une participation aux frais de secrétariat suivent le même sort. Ces opérations relèvent de la TVA, donc du champ de la facture électronique. Il en va de même pour la location de téléviseurs, la téléphonie, la papeterie, le blanchissage des effets personnels et les repas du personnel salarié.
| Flux de l’établissement | Régime TVA | Obligation au 1er septembre 2026 |
|---|---|---|
| Séjour, GHS, actes de soins | Exonéré | Hors dispositif |
| Redevances des praticiens libéraux | Taxable | Facture électronique |
| Location de locaux à un confrère | Taxable | Facture électronique |
| Télévision, téléphone, papeterie | Taxable | E-reporting de transaction |
| Repas du personnel salarié | Taxable | E-reporting de transaction |
| Factures reçues des fournisseurs | Sans objet | Réception obligatoire |
Cette grille se lit opération par opération, jamais activité par activité. Un même établissement émettra donc des factures électroniques vers ses praticiens et déclarera en e-reporting ses ventes aux patients et accompagnants. Les deux canaux coexistent, avec des échéances de transmission différentes.
Nombre de directions financières classent les redevances praticiens en produits accessoires et les traitent comme un flux interne. Sur le plan fiscal, ce sont des prestations de services taxables adressées à un assujetti. Elles entrent donc dans l’obligation d’émission, pas dans l’e-reporting.
Les flux à cartographier avant le raccordement
La cartographie précède toujours le choix de la plateforme. Un établissement de santé privé brasse des flux hétérogènes, dont une partie seulement entre dans le dispositif. Les identifier tôt évite de dimensionner l’outil sur un périmètre erroné.
Les factures fournisseurs, premier volume à absorber
Une clinique de taille moyenne traite plusieurs milliers de factures fournisseurs par an. Dispositifs médicaux, médicaments, prestataires de stérilisation, maintenance biomédicale, blanchisserie, restauration, intérim médical : chacun de ces émetteurs basculera en facture électronique. Dès le 1er septembre 2026, ces documents n’arriveront plus par courriel mais via la plateforme agréée choisie par l’établissement.
Le vrai enjeu porte sur le cycle de validation. Une facture électronique reçue déclenche un statut de cycle de vie, avec des délais de rejet et d’approbation à respecter. Une organisation qui laisse dormir ses factures trois semaines en validation service fait remonter des statuts incohérents. Par ailleurs, le refus doit être motivé et transmis dans le canal, pas par téléphone.
Les redevances praticiens, le flux le plus exposé
C’est le point de friction principal. Les praticiens qui exercent dans l’établissement sont des assujettis, même lorsque leurs propres actes sont exonérés. La redevance que vous leur facturez devient donc une facture électronique de professionnel à professionnel, transmise par plateforme interposée.
Cela suppose de disposer, pour chacun, d’un identifiant valide dans l’annuaire et d’une plateforme de réception déclarée. Un anesthésiste qui n’a rien choisi ne recevra pas sa redevance. La situation vaut aussi pour les infirmiers libéraux intervenant en hospitalisation à domicile. Elle vaut également pour les kinésithérapeutes du plateau de rééducation et pour les psychologues en vacation.
Anticiper cette dépendance change la conduite du projet. Une campagne de collecte des coordonnées de facturation, menée au printemps auprès des praticiens, coûte beaucoup moins cher qu’un blocage de trésorerie en septembre. De plus, elle permet de repérer les libéraux encore équipés d’un simple tableur.
Ce que la réforme ne touche pas
Les flux de facturation vers l’Assurance maladie et les organismes complémentaires restent en dehors. Ils suivent leurs propres normes, notamment les circuits de télétransmission et de facturation individuelle des établissements. La réforme fiscale ne remplace donc ni le flux vers les caisses, ni les échanges avec les mutuelles.
Les restes à charge facturés directement au patient n’entrent pas non plus en facture électronique, puisque le patient n’est pas assujetti. Toutefois, la part taxable de ces encaissements relève de l’e-reporting de transaction, avec une transmission des données agrégées. Le secret médical n’est pas en cause : seules des données de montant et de TVA circulent.
Les prestations de services soumises à la TVA sur les encaissements déclenchent aussi un e-reporting de paiement, distinct de l’e-reporting de transaction. Une clinique qui facture des redevances trimestrielles doit donc prévoir deux remontées de nature différente sur le même flux.
Brancher la plateforme agréée sur le système d’information
Un établissement de santé n’a pas un logiciel de facturation mais une chaîne applicative. Gestion administrative du malade, gestion économique et financière, achats, gestion des praticiens : chaque brique porte une partie du flux. Le raccordement consiste à choisir où se branche la plateforme.
Annuaire et adressage, le SIREN ne suffit pas toujours
L’annuaire central associe chaque destinataire à sa plateforme. Il fonctionne par SIREN, par SIRET ou par un code de routage complémentaire. Pour un groupe multi-établissements, ce niveau de finesse conditionne l’arrivée de la facture au bon service. Un adressage au seul SIREN déverse tout dans une file unique.
La bonne pratique consiste à déclarer un SIRET par site, puis un code de routage par pôle de dépenses lorsque l’organisation le justifie. Ensuite, cette convention doit être communiquée aux fournisseurs, sans quoi ils continueront d’adresser au siège. Un tableau d’adressage partagé avec les cent premiers fournisseurs règle l’essentiel du sujet.
Le point de raccordement conditionne le coût du projet
Deux scénarios dominent. Le premier consiste à brancher la plateforme sur l’outil comptable, qui devient le point d’entrée unique des factures fournisseurs. Le second passe par le portail achats, avec un rapprochement commande, réception et facture avant intégration comptable. Le second coûte plus cher à mettre en place, mais absorbe mieux les gros volumes.
Sur les flux sortants, la question se pose autrement. Les redevances praticiens sortent souvent d’un module dédié, parfois d’un tableur maintenu par le contrôle de gestion. Ce dernier cas devient intenable : une facture électronique exige un format structuré, un numéro séquentiel et un statut suivi. Migrer ce flux vers un outil de facturation constitue souvent le chantier le plus rentable du projet.
- BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-20, régime de TVA des établissements de soins privés
- Article 261-4-1° et 1° bis du code général des impôts
- impots.gouv.fr, foire aux questions sur la facturation électronique et liste des plateformes agréées
Le calendrier laisse peu de marge aux structures qui n’ont pas encore tranché. La réception se prépare en quelques semaines, l’émission demande un chantier de plusieurs mois. Commencer par cartographier les flux taxables reste le moyen le plus sûr de dimensionner correctement l’ensemble.
- Toute clinique doit pouvoir recevoir une facture électronique au 1er septembre 2026, même sans opération taxable.
- L’émission démarre à la même date pour les grandes entreprises et les ETI, un an plus tard pour les PME.
- Les redevances versées par les praticiens libéraux sont taxables, donc soumises à facture électronique.
- Les flux vers l’Assurance maladie et les complémentaires restent hors dispositif.
- L’adressage par SIRET et code de routage conditionne l’arrivée des factures au bon service.
Le diagnostic croise votre volume de factures, votre taille juridique et votre système d’information pour sortir trois plateformes adaptées.
Questions fréquentes
Une clinique exonérée de TVA doit-elle quand même choisir une plateforme agréée ?
Oui. L’administration précise qu’un assujetti réalisant exclusivement des opérations hors champ reste tenu d’être en capacité de recevoir des factures électroniques. L’exonération porte sur les recettes, pas sur les achats. Or les fournisseurs de l’établissement émettront tous en électronique à compter du 1er septembre 2026. Sans plateforme déclarée dans l’annuaire, ces factures resteront bloquées côté émetteur.
Les factures adressées à l’Assurance maladie sont-elles concernées ?
Non. Les flux de facturation des séjours vers les caisses et les organismes complémentaires suivent leurs propres circuits normalisés. La réforme fiscale porte sur les échanges entre assujettis établis en France et sur le report des données de transactions taxables. Un établissement conserve donc ses chaînes existantes, tout en ajoutant un canal pour ses flux taxables et ses achats.
Comment traiter les redevances versées par les praticiens libéraux ?
Comme une prestation de services taxable adressée à un professionnel. La doctrine fiscale vise expressément les sommes versées à l’établissement par les praticiens, quelle que soit leur qualification, loyers compris. Ces factures devront donc être émises au format structuré et transmises par plateforme. Il faut par conséquent récupérer en amont l’identifiant de facturation de chaque praticien concerné.
Que faire si un fournisseur envoie encore un PDF par courriel après l’échéance ?
Un PDF simple envoyé par courriel ne constitue plus une facture électronique au sens de la réforme. La facture n’est alors pas réputée transmise dans le circuit et la déduction de TVA devient fragile. La marche à suivre consiste à refuser le document, à communiquer les coordonnées d’adressage et à demander une réémission par plateforme. Un tableau de suivi des fournisseurs retardataires évite les régularisations en fin d’exercice.
Un groupe multi-sites doit-il une plateforme par établissement ?
Rien n’impose une plateforme par site. Un groupe peut centraliser sur une seule plateforme agréée et déclarer plusieurs SIRET rattachés à ce point d’entrée. Cette organisation simplifie les contrats et la supervision. En revanche, elle exige une politique d’adressage rigoureuse. Chaque facture doit atteindre le bon centre de responsabilité, sans quoi le gain de centralisation se perd en tri manuel.